土地、建物の一括譲渡時の区分方法について、下記の通り、まとめ直しました。
売却価格のうち、土地分と建物分とを分ける代表的な計算方法をご紹介すると、下記のような方法があります。

（１）控除方式…土地か建物いずれかの価額を求めて、そのいずれかの価額を全体の金額から控除する方法
（a）建物価額を求め、一括された譲渡対価からその建物価額を控除した残額を土地価額とする方法
　建物価額を求める方法としては、以下の方法があります。
　ア　定額法による未償却残高
　イ　定率法による未償却残高×建築価額上昇率
（b）土地価額を求め、一括された譲渡対価からその建物価額を控除した残額を建物価額とする方法
　土地価額を求める方法としては以下の方法があります。
　ア　公示価格
　イ　売買事例を斟酌する方法
　ウ　不動産業者、金融機関等の第三者による査定価格

（２）按分方式…一定の基準に基づき按分する方法(消費税基本通達10−1−5)
（a）譲渡時における土地及び建物のそれぞれの時価の比率により按分して計算する方法
（b）相続税評価額や固定資産税評価額を基に按分して計算する方法
（c）土地及び建物の原価を基に按分して計算する方法

（３）その他
（a）不動産鑑定士による評価
（b）複数の方式による評価額を平均して算定する方法

土地・建物を一括して譲渡した場合には、消費税の取り扱いが焦点となりますが、消費税基本通達10−1−5では、譲渡対価の合理的な区分の方法として、(2)按分方式を例示しているため、方式の決定にあたっては、まず（２）按分方式を検討するべきと思われます。

実務上は、上記方法のうちから、時間的制約、金額の多寡、費用面等を総合的に考えて計算することになりますが、第三者間の売買であれば、いずれの方法であっても、極端な金額にならない限り、税務上の問題は少ないと思われます。
但し、契約書に土地建物区分が記載されていたとしても、建物の売買金額が時価（判例では、当局は建築統計年報で算出）と著しく乖離する場合には、法人税（減価償却費）・消費税（仕入税額控除）ともに課税処分がなされている判例もあります。