不動産を所有する企業や事業を売却・承継する際、不動産そのものを直接売買するのではなく、「会社分割（新設分割・吸収分割）で不動産（および事業）を新会社・子会社に移転させ、その株式を買い手に譲渡する」という不動産M&Aの手法が注目を集めています。
直接売買に比べて資金繰りや税負担の面でメリットがある一方、税務上の要件やリスクの検討を怠ると、予期せぬ多額の課税が発生するケースもあります。
本記事では、クライアントの皆様が会社分割を活用した不動産M&Aを検討する際に押さえておくべき税制上の留意点と実務のポイントを整理して解説します。
1. なぜ「会社分割＋株式譲渡」が選ばれるのか？
通常の不動産売買（直接譲渡）と比べ、会社分割を活用した不動産M&Aが選ばれる主な理由は以下の通りです。
• 消費税負担の回避：不動産売買の場合、建物部分に10%の消費税が課税されますが、会社分割（組織再編）および株式譲渡は消費税の不課税・非課税取引です。
• 株主の手残りの最適化：個人オーナーが直接売却後に会社を清算して資産を回収する場合（配当所得として最高約55%の総合課税）、株式譲渡であれば約20.315%の分離課税で済む可能性があります。
• 事業のパッケージ化：賃貸管理事業や特定の事業ラインごとまとめて買い手に引き継ぐことができます。
2. 実務で直面する4つの重要な税制上の留意点
スキームの構築にあたっては、以下の税務上の論点を事前に精査することが不可欠です。
① 法人税：原則として「非適格分割」となる点に注意
会社分割を行う際、税務上「適格分割」に該当すれば譲渡損益の繰り延べが可能ですが、「分割後に株式を第三者へ譲渡すること」を前提としている場合、継続保有要件などを満たさず、原則として「非適格分割」となります。
【実務上の影響】
非適格分割となった場合、分割会社（売り手側）において不動産の含み益に対する譲渡損益が実現し、分割時に時価課税（法人税等）が発生します。分割段階での税負担と、その後の株式譲渡段階での税負担を合わせた**「トータルの税負担額」**を正確に計算しておく必要があります。
② 不動産取得税・登録免許税：非課税・軽減措置の適用要件
不動産取得税（原則3〜4%）は、会社分割において一定の要件（地方税法上の非課税要件）を満たせば免除されます。
しかし、株式譲渡前提の分割の場合、以下の要件を満たせるかが焦点となります。
- 主要資産・負債の移転：単に不動産だけを移転させ、関連する負債等を切り離していないか
- 事業の継続性：移転した事業が分割後も引き継がれて継続されるか
- 従業員の引継ぎ：従前事業に従事していた従業員の概ね80%以上が引き継がれるか
単に「不動産という資産だけを切り出して売却する」目的の分割と判定された場合、不動産取得税が非課税にならず課税されるリスクが高まります。
③ 不動産M&Aと「直接売買」の税務比較
| 検討項目 | 不動産の直接売買 | 会社分割＋株式譲渡（不動産M&A） |
| 買主側の消費税 | 建物部分に10%課税 | 不課税・非課税 |
| 不動産取得税 | 課税（原則3〜4%） | 条件を満たせば非課税（要件未達は課税） |
| 譲渡企業側の法人税 | 不動産譲渡益に約30〜34%課税 | 非適格分割：不動産時価評価に伴う課税 株式譲渡：株式譲渡益に課税 |
| 個人株主の税率 | 清算時等に総合課税（最大約55%） | 申告分離課税（約20.315%） |
④ 租税回避認定・行為計算否認のリスク（法人税法132条の2等）
実務上最も警戒すべきは、「不自然なスキームによる租税回避行為」と判定されるリスクです。
例えば、「不動産の直接売却にかかる税金を回避するためだけに、直前に新設分割を行い、すぐに株式を売却して会社を清算する」といった、合理的な事業目的を欠いた取引は、税務調査で「同族会社の行為計算の否認」や「組織再編に係る否認規定」を適用され、直接売買があったものとして追徴課税されるおそれがあります。
- 事業上の合理的な理由（事業承継、経営資源の選択と集中など）が存在するか
- 分割から株式譲渡までのスケジュールや手順に自然な流れがあるか
これらを論理的に説明・立証できるようドキュメンテーションを残しておくことが極めて重要です。
3. 成功のためのステップ
①「不動産単体」ではなく「事業」としての実体を作る
税務リスクを低減するためには、単に不動産という固定資産を移転するだけでなく、賃貸事業や管理事業としての実体（契約関係、負債、従業員など）を適切に引き継ぐ設計にすることが肝要です。
②事前の税務シミュレーションとデューデリジェンスの徹底
非適格分割による法人税、株式譲渡所得税、不動産取得税、登録免許税を含めた「最終的な手残り額」を事前にシミュレーションし、買い手側も対象会社の簿外債務等のリスクをデューデリジェンス（DD）で把握することが不可欠です。
不動産M&Aは高度な組織再編税制と不動産実務が交錯する分野です。検討初期の段階から、ぜひ専門家へご相談いただくことをお勧めいたします。
